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README: Cómo obtener una filogenia paso a paso
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TEMA 3
README: Cómo obtener una filogenia paso a paso
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Requisitos de finalización
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Tema_3_ComoObtenerUnaFilogenia.pdf
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Actividad previa
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Presentación
Temario
Material de lectura completo
Bibliografía completo
Guía de aprendizaje
Autoras
¿Qué es una filogenia y para qué sirve?
Lecturas básicas
Bibliografía
README: ¿Qué necesito saber para obtener una filogenia molecular robusta?
Cómo se construyen los árboles?: Breve introducción teórica
Lecturas básicas
Bibliografía
Puntos clave para el diseño y elaboración de una filogenia
Lecturas básicas
Bibliografía
Ejercicios
Soluciones
Autoevaluación
Respuestas
Obtención de secuencias: Genbank
Ejercicios
Soluciones
Secuencias_ITS.fasta
Secuencias_LF.fasta
Autoevaluación
Respuestas
Búsqueda de homologas: Alineamientos y matrices
Bibliografía
Secuencias_ITS.fasta
Secuencias_LF.fasta
Ejercicios
Soluciones
Alineamiento_ITS_clustal.fasta
Alineamiento_ITS_muscle.fasta
Alineamiento_ITS_revisado.fasta
Alineamiento_LF_clustal.fasta
Alineamiento_LF_muscle.fasta
Alineamiento_LF_revisado.fasta
Glaucoreseda_LF_gaps.nex
Glaucoreseda_ITS_LF.nex
Autoevaluación
Respuesta
Máxima Parsimonia
Glaucoreseda_ITS_LF.nex
Resedaceae.nex
stats.run
Ejercicios
Soluciones
Glaucoreseda_ITS_LF
Glaucoreseda_ITS_LF_MPbremer.emf
Glaucoreseda_ITS_LF_MPbs.emf
Glaucoreseda_ITS_LF_MPtree.emf
Glaucoreseda_ITS_LF.tre
Glaucoreseda_ITS_strictconsensus.emf
Glaucoreseda_ITS.tre
Glaucoreseda_LF2_strictconsensus.emf
Glaucoreseda_LF2.tre
Resedaceae
Resedaceae.out
ResedaceaeMP_strictconsensus.emf
ResedaceaeMP.tre
ResedaceaeMPbs100.emf
ResedaceaeMPbs1000.emf
stats_apo.emf
stats.out
Autoevaluación
Resultado
Selección de modelos evolutivos
Lecturas básicas
Mas bibliografía
Glacuoreseda_ITS_ITS1.nex
Glacuoreseda_ITS_58S.nex
Glacuoreseda_ITS_ITS2.nex
Alineamiento_LF_revisado.fasta
Ejercicios
Soluciones
Glacuoreseda_ITS_ITS1 res
Glacuoreseda_ITS_58S res
Glacuoreseda_ITS_ITS2 res
Alineamiento_LF_revisado res
Autoevaluación
Resultado
Inferencia Bayesiana
Bibliografía
Glaucoreseda_ITS_LF.nex
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps.nex
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps.nex
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex.con
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex.mcmc
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex.parts
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex.run1.p
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex.run1.t
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex.run2.p
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex.run2.t
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps_particiones.nex.trprobs
Glaucoreseda_ITS_LF_gaps.nex
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones_BI_ready.nex
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex.con
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex.mcmc
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex.parts
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex.run1.p
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex.run1.t
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex.run2.p
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex.run2.t
Glaucoreseda_ITS_LF_particiones.nex.trprobs
Autoevaluación
Respuesta
Máxima Veorosimilitud
Glacuoreseda_ITS_LF.phy
RAxML_bestTree.Glacuoreseda_ITS_LF.tre
RAxML_bipartitions.Glacuoreseda_ITS_LF.tre
RAxML_bipartitionsBranchLabels.Glacuoreseda_ITS_LF.tre
RAxML_bootstrap.Glacuoreseda_ITS_LF.tre
RAxML_info.Glacuoreseda_ITS_LF.tre
Edición de árboles
RAxML_bipartitions.Glacuoreseda_ITS_LF.tre
Siguiente actividad
Obtención de secuencias: Genbank